美国司法部关于爱泼斯坦档案的说法正受到文件本身的挑战。司法部长托德·布兰奇长期坚称，所谓爱泼斯坦档案即使未向公众公开，也不含与国家安全有关的秘密信息，并称没有任何文件是基于国家安全或外交政策理由被扣留或涂黑的。但哥伦比亚广播公司新闻部的调查发现，已公布档案中至少3份文件显示，司法部收集的材料里包含涉密信息，其中一份显示布兰奇分管的副部长办公室在2025年3月接收过与爱泼斯坦有关的涉密材料。司法部称共收集600万页材料，最终发布300多万页。
清单与邮件双双出现“涉密”字样 内容仍是谜
线索之一是一份8页时间线，记录联邦调查局纽约办公室去年初查找并移交档案的过程：2025年3月25日的一份文件显示，16件爱泼斯坦物品被送交副部长办公室，其中第2件和第6件分别被描述为“爱泼斯坦透明项目——涉密材料”和“装有涉密材料的光盘（2张）”。同一天，国家安全定密操作部门负责人的一封邮件附有名为“爱泼斯坦——涉密文件备忘录”的附件，正文称有3份文件“被认定仍然涉密”，其中一份被描述为一份“透看时即涉密”的联邦调查局文件；对另外两份文件的描述被涂黑，收件人身份也被隐去。究竟什么被定密、为何定密，目前仍不清楚，两处线索是否指向同一批材料也不明确。按法律，材料只能出于国家安全目的被定密。
编号缺口显示数万页文件去向不明 司法部未回应
CBS对司法部整理档案用的编号系统作了分析：每页右下角都有以EFTA开头的编号，已发布页数约285万页；但许多文件上还有更早的编号，来自麦克斯韦刑事案的证据开示，或联邦调查局调查人口贩运时从摩根大通、德意志银行等处收集的材料。数以万计的情况下，EFTA编号只前进1页，旧编号却前进2页以上，显示有页面在司法部取得后被移除。其中约4500张爱泼斯坦账户支票图片中，有66张应有的支票图片缺失；另一个早期编号序列的缺口合计达120万页，缺失的多为整段电子邮件往来。前联邦检察官芭芭拉·麦奎德指出，财务记录并不属于允许移除的类别，编号存在的意义正是让人察觉这类缺口。一种可能的解释是去重：处理指引允许把已被最完整版本覆盖的中间往来标为重复件，但档案中仍有大量重复邮件。司法部未回应CBS近期的询问，此前则称依法应发布的文件都已发布，其余文件或无关、或属特权、或为重复件；国会质疑和一宗诉讼正要求公开更多被扣文件。